Theo cảng Sài Gòn, từ đầu năm 2009 đến nay, lượng hàng hóa qua các cảng khu vực TP.HCM tăng đột biến. Chỉ trong bốn tháng đầu năm, cảng Sài Gòn đã bốc dỡ gần 6,4 triệu tấn hàng, tăng 43% so cùng kỳ năm 2008. Trong khi đó, khả năng tiếp nhận tàu và bốc xếp của cảng có giới hạn, chỉ được 25 tàu tại cầu cảng và các bến phao nhưng có lúc cao điểm, lượng tàu về cảng lên đến 50 tàu.

Hiện cảng có 42 tàu đang làm hàng và chờ xuống hàng, dẫn đến tình trạng quá tải. Mặc dù cảng đã có nhiều biện pháp tăng năng suất giải phóng hàng hóa nhưng vẫn không tránh khỏi tình trạng tàu nằm chờ. Cảng Sài Gòn cũng đề xuất một số phương án giải quyết tình trạng ách tắc bằng việc huy động hết khả năng của cảng, cả về thiết bị, nhân lực. Cảng đề nghị các chủ hàng chuẩn bị tốt phương tiện tiếp nhận hàng hóa, nếu cần thiết đưa một phần hàng hóa vào lưu kho để tăng năng suất xếp dỡ, giải phóng tàu. Một biện pháp giảm tải cho cảng Sài Gòn cũng được nêu ra là đề nghị các chủ hàng, đại lý chọn… các cảng khác để làm hàng (!).

Nhiều chủ tàu cũng bày tỏ bức xúc trước tình trạng thất thoát hàng hóa một cách bất thường khi tàu xuống hàng tại cảng. Một công ty nhập thức ăn gia súc phản ánh, có khi giá trị lượng hàng bị thất thoát trên 3 tỉ đồng. Điều này khiến một công ty bảo hiểm thông báo ngưng bán bảo hiểm hàng hóa khi tàu cập cảng Sài Gòn.

Ông Lê Công Minh, giám đốc cảng Sài Gòn thừa nhận, tình trạng hao hụt tập trung vào mặt hàng cám, thức ăn gia súc, với tỉ lệ hao hụt bình quân trong bốn tháng đầu năm lên đến 1,4%.

Tuy nhiên, ông Minh cho rằng, các tàu hàng cám, thức ăn gia súc thường giao nhận hàng xá bằng giám định mớn nước. Phương thức này thường có sai lệch giữa lượng hàng thực tế với con số giám định, đặc biệt là hàng từ tài giao thẳng xuống xà lan nhận hàng. Ngay cả việc nhận hàng bằng đường bộ cũng xảy ra tình trạng một vài chủ xe, tài xế xe nhận hàng gian lận và cảng đã phát hiện và phối hợp công an để xử lý.