Thời gian gần đây, MacBook Pro gặp khá nhiều trục trặc liên quan đến ổ cứng. Đầu tiên là vấn đề truyền dữ liệu với chuẩn SATA 3 Gb/giây. Việc này đã được Apple xử lý "êm thấm" với lần cập nhật phiên bản MacBook Pro EFI Firmware Update 1.7.

Gần đây, hãng lại thường xuyên nhận được phàn nàn từ phía người sử dụng về ổ cứng tốc độ 7.200 vòng/phút hoạt động không ổn định, hay phát rá những tiếng "click" và "bíp bíp" bất thường. Nguyên nhân nằm ở chỗ ổ đĩa cứng Seagate Momentus 7200.4 G-Force sử dụng công nghệ chống sốc đặc biệt đã gây ra những tiếng ồn ngoài ý muốn. Apple cũng đã chính thức xác nhận vấn đề này từ lâu nhưng giờ mới có thể đưa ra phiên bản cập nhật Firmware Update 2.0 nhằm giải quyết êm xuôi trục trặc.

Nếu người sử dụng MacBook Pro đã bật sẵn tính năng cập nhật tự động, bản Firmware Update 2.0 sẽ được tự động tải về máy. Không thì đành tải về từ trang web của Apple. Bản firmware có dung lượng 3,71 MB, tương thích với hệ điều hành MacOS X 10.5.7 và các phiên bản mới hơn.

Ngoài ra Apple cũng cung cấp cả bản cập nhật Bluetooth Firmware Update 2.0.1 chữa lỗi và nâng cao tính tương thích với các thiết bị như chuột và bàn phím không dây. Bản này dùng được cho tất cả các mẫu máy chip Bluetooth Broadcom gồm cả Macbook vỏ nhôm, MacBook Pro, MacBook Air và các máy Mac khác được giới thiệu ra thị trường trong năm 2009.